Обязанность по ведению воинского учета распространяется абсолютно на все организации, включая малые компании и микропредприятия (п.7 ст.8 Закона от 28.03.98 №53-ФЗ; подп.6 п.1 ст.8 Закона от 31.05.96 №61-ФЗ).
Но вот индивидуальные предприниматели, имеющие наемных работников, вести воинский учет не обязаны (Постановление Президиума ВАС от 14.04.2009 №13798/08).